菌圃是黄翅大白蚁蚁巢的主体，在主巢腔内，有几十个馒头状的或条状的小菌圃，每个菌圃之间都由薄薄的一层泥皮包裹着隔开，菌圃之间通过小蚁道，穿过泥皮连通。它既是粮仓，可培育多种真菌，又是数十万只白蚁居住的高层多孔的建筑物和巢内温、湿度调节器。菌圃为质轻多孔的海绵状组织，巢壁湿度大时能吸收水分，干燥时可释放水分，加上庞大蚁群的代谢作用和菌圃上微生物的发酵作用，提供热能。菌圃数量多少、饱满程度如何是蚁群盛衰的标志。黄翅大白蚁菌圃数量要比黑翅土白蚁少得多。

　　黄翅大白蚁菌圃呈不规则的长条形，菌圃孔亦呈长形。在高温多雨的6~8月份，黄翅大白蚁蚁巢上方有鸡枞菌长出地面，以幼年幼群长出的多，因为成熟蚁群蚁巢离地表较深，鸡枞菌不易穿透壤到达地表。因为黄翅大白蚁菌圃腔少，所以地表出现鸡枞菌的蚁巢要比黒翅土白蚁少得多。